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SPaMD

v2.0

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文档目录
  • 1. 平台简介 ▶
    • 1.1 材料原子级建模
    • 1.2 高性能科学计算
    • 1.3 计算任务管理
    • 1.4 数据可视化
  • 2. 安装与配置 ▶
    • 2.1 Windows安装
    • 2.2 Linux安装
    • 2.3 MacOS安装
  • 3. 高效原子级建模 ▶
    • 3.1 AtomKit原子建模 ▶
      • 3.1.1功能控件：界面
      • 3.1.2 功能控件：选择
      • 3.1.3 功能控件：操作
      • 3.1.4 选择选项：Cuboid
      • 3.1.5 选择选项：Cylinder
      • 3.1.6 选择选项：Cone
      • 3.1.7 选择选项：Polyhedron
      • 3.1.8 选择选项：Polyprism
      • 3.1.9 选择选项：Slice
      • 3.1.10 选择选项：Sphere
      • 3.1.11 选择选项：Expression
      • 3.1.12 选择选项：Inbox
      • 3.1.13 选择选项：And/Or/Complement/Neither/Not
      • 3.1.14 选择选项：Deform
      • 3.1.15 选择选项：Periodic
      • 3.1.16 选择选项：Rotate
      • 3.1.17 操作选项：Add atom
      • 3.1.18 操作选项：Fill Atoms
      • 3.1.19 操作选项：Create Box
      • 3.1.20 操作选项：Deform
      • 3.1.21 操作选项：Delete
      • 3.1.22 操作选项：Displace
      • 3.1.23 操作选项：Duplicate
      • 3.1.24 操作选项：Extend
      • 3.1.25 操作选项：Mirror
      • 3.1.26 操作选项：Move
      • 3.1.27 操作选项：Remove Duplicate
      • 3.1.28 操作选项：Substitude
      • 3.1.29 操作选项：Retate
      • 3.1.30 操作选项：Sort
      • 3.1.31 操作选项：Symmetrize
      • 3.1.32 操作选项：Wrap
      • 3.1.33 操作选项：Affine Tensile
      • 3.1.34 操作选项：Affine Compress
      • 3.1.35 操作选项：Affine Shear
      • 3.1.36 操作选项：Alias Tensile
      • 3.1.37 操作选项：Alias Compress
      • 3.1.38 操作选项：Alias Shear
    • 3.2 CrysKit建模 ▶
      • 3.2.1 Al2O3晶体建模
      • 3.2.2 Al2O3晶体对称性分析
      • 3.2.3 制作Al2O3原胞、单胞、4×4 超胞
      • 3.2.4 重新定义Al2O3晶胞基矢
      • 3.2.5 移除Al2O3对称性并输出POSCAR文件
      • 3.2.6 W晶体建模
      • 3.2.7 W晶体对称性分析
      • 3.2.8 制作W原胞、单胞、4×4 超胞
      • 3.2.9 重新定义W晶胞基矢
      • 3.2.10 移除W对称性并输出POSCAR文件
    • 3.3 Surfkit建模 ▶
      • 3.3.1 构建表面切片模型
      • 3.3.2 合并涂层层次结构模型
      • 3.3.3 扭曲双层扭转分层结构模型
      • 3.3.4 最小化表面
      • 3.3.5 最小化厚度
      • 3.3.6 Delaunay简化
      • 3.3.7 添加吸附原子
  • 4. 科学计算与模拟 ▶
    • 4.1 Simulator 模块 ▶
      • 4.1.1 Dynamic 模块
      • 4.1.2 Quasistatic 模块
      • 4.1.3 Shock模块
      • 4.1.4 Crack模块
    • 4.2 LAMMPS 模块 ▶
      • 4.2.1 Cohesive energy 模块
      • 4.2.2 Minimization 模块
      • 4.2.3 Lattice Constant 模块
      • 4.2.4 Elastic Constant 模块
      • 4.2.5 Annealing 模块
      • 4.2.6 Melting 模块
      • 4.2.7 Dynamic Tensile 模块
      • 4.2.8 Dynamic Compress 模块
      • 4.2.9 Dynamic Shear 模块
      • 4.2.10 Quasistatic Tensile 模块
      • 4.2.11 Quasistatic Compress 模块
      • 4.2.12 Quasistatic Shear 模块
      • 4.2.13 Nanoindentation 模块
      • 4.2.14 Laser Melting 模块
    • 4.3 VASP 模块 ▶
      • 4.3.1 BasiSeries 模块 ▶
        • 4.3.1.1 Structure Optimization 模块
        • 4.3.1.2 Single Point 模块
        • 4.3.1.3 Molecular Dynamics 模块
        • 4.3.1.4 Basic Band Structure 模块
        • 4.3.1.5 Fat Band Structure 模块
        • 4.3.1.6 3DBand Structure 模块
        • 4.3.1.7 Density of States 模块
        • 4.3.1.8 Fermi Surface 模块
        • 4.3.1.9 Valence Charge Density 模块
        • 4.3.1.10 Partial Charge Density 模块
        • 4.3.1.11 Electron Local Function 模块
        • 4.3.1.12 Local Potential 模块
        • 4.3.1.13 Wave Function in real space 模块
      • 4.3.2 AutoSeries 模块 ▶
        • 4.3.2.1 AHULL 模块
      • 4.3.3 UserSeries模块 ▶
        • 4.3.3.1 Magnetism Calculation模块
        • 4.3.3.2 Example模块
    • 4.4 CP2K 模块 ▶
      • 4.4.1 Singlepoint 模块
      • 4.4.2 Relaxation 模块
      • 4.4.3 AIMD 模块
    • 4.5 MiedCalc 模块 ▶
      • 4.5.1 MiedCalc 模块
  • 5. 多模态数据分析 ▶
    • 5.1CNA (Common Neighbor Analysis)
    • 5.2BAA (Bond Angle Analysis)
    • 5.3CSP (Centro Symmetry Parameter)
    • 5.4CNP (Common Neighbor Parameter)
    • 5.5OIM (Orientation Imaging Map)
    • 5.6LCO (Local Crystallographic Orientation)
    • 5.7SVA (Slip Vector Analysis)
    • 5.8STA (atom Strain Tensile Analysis)
    • 5.9DVA (Displacement Vector Analysis)
    • 5.10NTA (Nye Tensor Analysis)
    • 5.11NYE (Nye Tensor Analysis)
    • 5.12DDA (the Differential Displacement Analysis)
  • 6.专业渲染可视化 ▶
    • 6.1 View 模块 ▶
      • 6.1.1 Setting 模块
      • 6.1.2 Camera模块
      • 6.1.3 Tools模块
      • 6.1.4 Vector模块
      • 6.1.5 Plane模块
    • 6.2 Tools 模块 ▶
      • 6.2.1 Format Transformation 模块
      • 6.2.2 Plot Curve 模块 ▶
        • 6.2.2.1 Line 模块
        • 6.2.2.2 Line+Symbol 模块
        • 6.2.2.3 Scatter 模块
        • 6.2.2.4 Scatter+Colormap 模块
        • 6.2.2.5 Bubble 模块
        • 6.2.2.6 Bubble+Colormap 模块
        • 6.2.2.7 Vector 模块
        • 6.2.2.8 Vector+Colormap 模块
      • 6.2.3 Draw Projection模块
      • 6.2.4 Draw KPath模块
      • 6.2.5 Draw Fermisurface模块
      • 6.2.6 Draw Gridsurface模块
      • 6.2.7 Draw Convexhull模块
      • 6.2.8 Draw Pourbaix模块